A inicios del año 2013, pescadores artesanales de Bahía Magdalena comenzaron a observar una gran mortandad de animales marinos (principalmente tortugas, delfines y ballenas), que llegaban a la orilla muertos pero sin aparente daño físico externo, lo que alertó a comunidades pesqueras, quienes al comenzar a buscar información, se percataron que desde el año 2012 la empresa estadounidense Exploraciones Oceánicas, filial de Odissey Marine Exploration, se encontraban realizando prospecciones mineras en el Golfo de Ulloa para extraer arena fosfática sin haber informado a la comunidad de ello.
Por esto, en agosto de 2013, pescadores artesanales locales y organizaciones ambientales se reunieron en Puerto Chales preocupados ante la falta de información y la mortandad de especies registradas. En dicho encuentro se fijaron dos acciones: hacer una búsqueda de información y hacer una denuncia a los medios de comunicación. De este modo se percataron que la empresa operaba ilegalmente el proyecto minero denominado “Don Diego”, ya que solo contaba con el permiso de la Secretaría de Economía, quien le otorgó una concesión por 50 años para la extracción de arenas fosfáticas, pero no contaban con ninguna autorización ambiental, y de acuerdo a la normativa nacional, ninguna empresa en México puede hacer uso de recursos naturales si no tiene una Manifestación de Impacto Ambiental (MIA).
Ante ello, el movimiento social conformado en oposición al proyecto, denunció esto a la Secretaría de Medio Ambiente y Recursos Naturales (SEMARNAT). La empresa al sentirse presionada, entregó una MIA, pero la retiró un día antes de que la autoridad realizará su pronunciamiento de aceptación o rechazo. Seis días después, volvieron a presentar un nuevo estudio, cambiando el nombre del proyecto, renombrándolo como “Dragado de arenas negras fosfáticas en el yacimiento Don Diego”. Las organizaciones, al observar el nuevo estudio, se percataron que las áreas indicadas por la empresa para realizar la explotación, no coincidían con las áreas concesionadas que les otorgó el Gobierno Federal.
Finalmente, en abril de 2016, SERMARNAT rechazó el proyecto, argumentando la fragilidad del ecosistema marino. Sin embargo, la empresa apeló al Tribunal Federal de Justicia Fiscal y Administrativa (TFJFA) para dejar sin efecto esta resolución, la cual fue acogida unánimemente por el TFJFA. Ante ello, comunidades de pescadores y organizaciones ambientales han vuelto a reactivar la movilización social para defender el ecosistema marino, ya que justamente, la zona donde la empresa pretende operar ha sido declarada como Área de Refugio para la Protección de Tortuga Amarilla. Asimismo, el 42 % de la actividad pesquera de Baja California Sur se ubica en el área de explotación, y, al llevarse a cabo el proyecto se vería afectado directamente el hábitat del pez verdillo, especie que constituye el principal recurso en la economía de los pescadores locales
Si el proyecto de minería marina Don Diego se llevara a cabo en Comondú, la ballena gris podría modificar su ruta. El ruido del dragado de 91,000 ha de fondo marino para extraer 350 millones de toneladas de fosfato, afectaría la ruta, pues el ruido sobrepondría la comunicación entre los mamíferos, explicó Jorge Urban, responsable del programa de investigación en mamíferos marinos de la UABCS. Además, aceptar el proyecto constituiría una grave violación de los derechos de los pescadores de la zona, ya que “Don Diego” se encuentra dentro de una parte de la concesión que la Comisión Nacional de Pesca (CONAPESCA) otorgó a la Sociedad Cooperativa de Producción Pesquera Puerto Chale S.C.L.
Por esas razones, las comunidades de pescadores de la zona El Manglito y el Esterito se encuentran en alerta y han realizado diversas acciones y manifestaciones demostrando su descontento. Del mismo modo, diversas organizaciones han denunciado la manipulación mediática, la perversidad y la violencia psicológica a través de las cuales Exploraciones Oceánicas ha tratado de imponer su proyecto, emprendiendo una campaña de difamación en contra del reportero Carlos Ibarra del Portal Informativo BCS Noticias, quien escribe artículos independientes y críticos sobre el proyecto. Ahora, el periodista tiene una denuncia penal interpuesta por la empresa y enfrenta entre 3 y 10 años de cárcel por “atentar en contra del consumo y riquezas naturales”. Cinco personas más tienen la misma denuncia, de los cuales, tres son parte de la Sociedad Cooperativa de Producción Pesquera Puerto Chale S.C.L.
En octubre de 2018, la SEMARNAT rechazó por segunda ocasión la MIA presentada por la empresa, de este modo, Odyssey Marine Exploration, Inc. demandó al gobierno de México por la cantidad de 3,540 millones de dólares. En la actualidad el proyecto se encuentra suspendido.