El colapso de Quillagua comenzó a manifestarse en el año 1997, cuando se produce el primer evento de contaminación de las aguas del río Loa. Componentes químicos como el xantato, el isopropanol, detergentes y metales pesados, provocaron la muerte biótica del río e impactaron la vida socio económica del pueblo. Las familias de camaroneros, perdieron toda fuente de subsistencia y los campos de cultivos fueron quemados por los contaminantes disueltos en las aguas del río. Entonces la vida del pueblo se paralizó.
Ninguna autoridad se hizo responsable del desastre ambiental. La CONAMA regional identificó como causante del colapso ambiental al viejo tranque Sloman, un antiguo embalse abandonado y colmatado de sedimentos que sirvió de planta hidroeléctrica en épocas del salitre. Así le fue posible no investigar la responsabilidad de una institución intocable a nivel regional y nacional, pese a que las evidencias de los tipos de contaminantes apuntaron al tranque de relaves Talabre del mineral cobre de Chuquicamata, perteneciente a la Corporación Nacional del Cobre, CODELCO, lo que resulta evidente pues letales sustancias como el xantato y el isopropanol solo se utilizan en la industria del cobre. Estudios geológicos, por su parte, identificaron que existen conexiones de napas subterráneas entre el embalse de relaves de cobre y el río Loa que se encuentran a corta distancia. A estas evidencias se suma ¬la convicción de los pobladores de Quillagua de la responsabilidad de CODELCO en los fenómenos de contaminación de las aguas, cuyo segundo evento se produjo en el verano del año 2000, lo que agudizó la crisis terminal del oasis.
Los efectos de la contaminación de 1997, implicó que las familias de Quillagua se vieron impedidas de realizar sus actividades productivas tradicionales. Intentaron entonces subsistir de la confección de carbón vegetal, utilizando la madera de algarrobo, pero la Corporación Nacional Forestal, CONAF, prohibió esta actividad artesanal para proteger los bosques del oasis. Entonces, a los pobladores de Quillagua solo les quedó vender los derechos de aguas como última solución a su crisis, y lo hicieron a favor de la Sociedad Química y Minera de Chile, SOQUIMICH. De los 120 litros por segundo (l/s) inscritos en 1987, año en que la Gobernación de Tocopilla les redujo arbitrariamente su antigua disponibilidad de 400 l/s, los pobladores vendieron dos tercios de sus derechos, quedando con solo con 41 l/s., luego de lo cual muchas familias abandonaron el pueblo.
La venta de los derechos de aguas fue una decisión tomada por el desamparo en que quedaron por las instituciones del Estado y les significó la incomprensión de las demás comunidades atacameñas, a las que se les hizo saber, por las autoridades, que Quillagua no tenía agua porque había vendido sus derechos de aprovechamiento, lo que en verdad no se ajusta a la realidad. En efecto, a pesar de la pésima calidad de las aguas muchos pobladores insistieron con sus cultivos de alfalfa, pero iniciados los primeros riegos se les quemaban y una gruesa capa de sal se apoderaba del suelo. El año 2000, un nuevo evento de contaminación de las aguas del Loa profundizó la crisis ambiental, económica y social de Quillagua, las aguas traían ahora nuevos y más contaminantes. Un informe del Servicio Agrícola y Ganadero SAG (2000), identificaba como provenientes del tranque de relaves de Chuquicamata a gran parte de las sustancias contaminantes, señalando que la alta contaminación hacía aconsejable el no uso de las aguas del Loa en Quillagua, tanto para bebida humana, de animales y menos aún para el riego, pues los niveles tóxicos sobrepasaban con creces lo permitido, como el caso del mercurio que presentó concentraciones que superan cientos de veces las normas (1 ppb), que llegaron a valores extremos en Quillagüa, donde se registraron 430 ppb).
A la contaminación del río Loa, se sumó el corte del suministro del caudal del río, pues desde el año 2000 el río
prácticamente no corre en los períodos de primavera y verano, aumentando algo el caudal con el invierno boliviano a fines de febrero. Otro estudio señaló que la reducción al mínimo del caudal tiene relación con las aguas tomadas en Chacance por SOQUIMICH, que prácticamente secan el río Loa, y solo escurren unos metros más abajo aguas vertidas por el disminuido caudal del río San Salvador, que tiene altas concentración de sales.
El colapso actual de Quillagua, por efecto de la contaminación y la captura aguas arriba del caudal del Loa, se resume en los siguientes datos: en 1996, existían 120 hectáreas cultivadas, 116,4 hectáreas de alfalfa y 3.6 hectáreas de maíz; en el 2005, solo se intenta cultivar sin resultados media hectárea de alfalfa por el señor Ayavire. Antes de la contaminación del río Loa existían 80 niños matriculados en la escuela G-15 de Quillagua, en el 2005 solo quedaban tres niños; había decenas de agricultores, ahora solo queda uno, y desapareció la actividad de captura de camarones por la muerte biótica del río.
Fuente: Artículo "Quillagua, oasis del desierto que desaparece por causa de la contaminación", del geógrafo Raul Molina.