A la empresa Yanacocha no le bastó con secar el Río Yanacocha, sino que también se interesó en explotar el Cerro Quilish, generando así un nuevo conflicto socioambiental. El caso del Cerro Quilish es emblemático, ya que se trata de un ecosistema frágil que incluye la presencia de microcuencas que abastecen a los ríos Grande, Porcón y Quilish. El 70% del total de agua que abastece a la población de la ciudad de Cajamarca, proviene de los dos primeros ríos, y llega a la ciudad a través de la Planta de Tratamiento de Agua Potable "El Milagro". Para la empresa Yanacocha, el Cerro Quilish contiene grandes depósitos de oro y es una importante zona de expansión minera. Desde el inicio de las operaciones de Minera Yanacocha, el Cerro Quilish ha constituido un expediente altamente conflictivo que ha provocado la movilización de las poblaciones locales. El 5 de octubre del año 2000, en respuesta a dichas movilizaciones sociales, la Municipalidad Provincial de Cajamarca declaró como "Zona Reservada Municipal" al Cerro Quillish. En respuesta, Yanacocha abrió un proceso legal en contra de la decisión, y aunque perdió en las dos primeras instancias, ganó el caso en Lima y el 16 de julio del año 2004, el MINEM autorizó la reanudación de las exploraciones en el Cerro Quilish (RD Nº 361-2004-MEM). Esta autorización provocó una segunda oleada de protestas que terminaron en un masivo paro regional en Cajamarca y, entre el 2 y 16 de septiembre, se dieron movilizaciones urbanas y rurales en contra de la empresa. El paro fue levantado cuando se conoció el compromiso del MINEM de retirar la autorización, que se hizo pública en el Diario Oficial El Peruano (RD Nº 427-2004-MINEM). En noviembre de ese año, la empresa Yanacocha publicó un comunicado en los principales diarios de circulación nacional manifestando su decisión de no iniciar las exploraciones en el Cerro Quillish y reconociendo que no había tenido la licencia social para poder seguir con la operación. Con ello, al día siguiente de publicado el comunicado, solicitó formalmente al ministerio la revocación de su permiso. A pocos días del pronunciamiento de noviembre, Alberto Benavides, Director de Minera Buenaventura (socio mayoritario de Yanacocha) señaló, en una entrevista periodística que, en algún momento en el futuro, era probable que Yanacocha reiniciará las exploraciones en el Cerro Quilish.

Ver En 1993, la empresa Minera Yanacocha anunciaba que el Cerro Quilish tenía reservas de 333 mil onzas de oro, sin embargo, después de culminadas las labores de exploración realizadas durante los años 1995-2000, la empresa minera ha declarado la existencia de reservas probables y probadas que ascenderían “a 3.700,000 onzas de oro recuperable. Adicionalmente, el yacimiento contiene 500,000 onzas de oro potencialmente recuperable. Fuente: http://www.grufides.org/articulos/articulo_04.htm