Desde el inicio de las operaciones de la mina Aquila en 1998, se han presentado varias protestas por parte de los comuneros debido a que no se han respetado los acuerdos entre empresa-comunidad. En la actualidad, la Comunidad indígena de San Miguel de Aquila está cansada de que la empresa transnacional Ternium de origen Italo-argentino no cumpla con lo que han acordado. En noviembre de 2009 Ternium instaló una planta de trituración y pre concentración, por lo que fue necesario firmar otro compromiso.
En 2010, la comunidad nahua se inconformó porque no recibieron las regalías acordadas y pidieron una nueva negociación, ya que el mineral se está agotando, el río está contaminado y Aquila, uno de los municipios más pobres de Michoacán, ha recibido pocos beneficios de la empresa. En abril de 2011, los comuneros acordaron con Ternium que ésta pagaría 3.3 dólares por tonelada de hierro extraída de la mina Las Encinas, lo que cumplió hasta marzo de 2012. Hay que señalar, que esta situación ha desatado rencillas entre los comuneros durante todo el periodo de negociaciones.
Con estos antecedentes, hoy la empresa pretende ampliar su capacidad productiva sin consultar a los comuneros, señalando que poseen los permisos de la Secretaría de Medio Ambiente y Recursos Naturales (Semarnat) y de la Procuraduría Federal de Protección al Ambiente (Profepa). De este modo, los comuneros se organizaron y pusieron una queja ante la Comisión Nacional de Derechos Humanos (CNDH) denunciando que la Profepa y la Semarnat otorgaron permisos a la empresa Ternium sin consentimiento de los 469 comuneros.
En el 2013 creció la preocupación en los comuneros por la contaminación del río Aquila. En el marco del conflicto, Ternium emprendió una campaña contra los líderes comunitarios. Uno de los casos es el de Agustín Villanueva, policía comunitario de Aquila, recluido en prisión en el año 2013, tras su liberación en 2017 relató su versión sobre la violencia en contra de las comunidades: “primero fue el narcotráfico, hoy es la minería”. Una acusación falsa de secuestro lo mantuvo preso cuatro años y dos meses, él fue uno de los fundadores del movimiento de autodefensas y ex presidente de bienes comunales.
Su detención se realizó en agosto de 2013 durante el primer operativo de seguridad para desarmar a las autodefensas que se levantaron en armas en contra del cártel de "Los Caballeros Templarios". Ese día, ocho comunitarios fueron asesinados y 41 más detenidos junto con Agustín y sus hermanos Efraín y Vicente.
Según Agustín "pues llegó la fecha en que ya no aguantábamos por la razón de que nos cobraban cuota. Nos cobraban que por dejarnos trabajar en nuestra comunidad...Estábamos todos amenazados, arruinados, ya nadie quería trabajar porque de sus pocas ganancias había que pagar una cuota, que era una cuota pa Los Templarios, que porque si no le pagabas a Los Templarios iban a venir los del Cártel de Jalisco, que era otro grupo más pesado que el de Los Templarios, ¡puta madre! dijimos, ¿pues qué es eso? Ya no aguantamos y tuvimos que hacer lo que hicimos”.
Agustín Villanueva comenta que la mina de Aquila es un tema que mantiene en riesgo a la comunidad, pues el cobro de regalías por más de 18 mil pesos al mes a la empresa Ternium-Las Encinas por la extracción de mineral de hierro acordado en 2012, no se está respetando, acuerdo por el cual justamente resulto encarcelado.
En 2018 resucitó el conflicto entre comuneros y la minera en Aquila, el motivo fue un desacuerdo en la concesión de 217 hectáreas de tierras comunales. Representantes de la empresa ítalo-argentina argumentaron que ya no había espacio de maniobra para colocar los desperdicios minerales, por lo que se redujo la extracción de hierro en 80 por ciento, por lo tanto, cada comunero que recibía entre 15 y 18 mil pesos mensuales por regalía, sólo obtendría un cheque de 5 mil pesos, informó uno de los comuneros, Juan Hernández.
Así, más de 300 campesinos se reunieron en asamblea para analizar el camino a seguir, ya que no quieren hacer "las cosas precipitadas" y entregar durante 10 años el mineral que hay en esas 217 hectáreas, a las que habría que sumar 383 hectáreas concesionadas desde hace seis años, diariamente extraen unas 15 mil toneladas de hierro que se llevan a Manzanillo y a distintas partes del mundo.
Juan Hernández declaró que "el consorcio nos presiona con la reducción de extracción de hierro y el argumento que está dando es falso, ya que cuenta con terreno suficientes para colocar el desecho de mineral, quiere que firmemos cuanto antes como condición para que se normalice la explotación de la mina." Recordó que desde la misma empresa surgieron estrategias políticas que han divido a los comuneros con el fin de pagar lo menos posible en regalías... “fue gracias a un movimiento que encabezó Agustín Villanueva Ramírez que lograron que las regalías superaran los 15 mil pesos mensuales para cada comunero", detalló. Contó que a Villanueva Ramírez le fabricaron delitos por secuestro y robo que lo mantuvieron en prisión, junto con dos compañeros, de agosto de 2013 a octubre de 2017; incluso, ya lo habían condenado a 47 años de prisión.